La Iglesia de San Sebastián se muestra como un edificio dotado de un espacio puro y armónico en el que destaca un marcado contraste entre la factura de los parámetros, interpretados por un cierto sabor mudéjar, y la naturaleza de sus proporciones, impecablemente concebidas por el buen uso que se ejerce de sus amplias arquerías sobre columnas de orden toscano.

Abundando en su singularidad, llama la atención la morfología de sus elementos soportantes, los ritmos pausados por los que se rigen y la gran espacialidad que generan. Realizada en el siglo XVII, muestra una tipología muy diferente a las del resto de las fundaciones realizadas por los marqueses de Ayamonte. Excepcionalmente, halla un curioso vínculo con la Iglesia Parroquial de Zalamea la Real. Esta circunstancia reafirma la naturaleza renacentista del edificio y nos sitúa ante una obra con la que se emparentaba. Iglesia de Planta Basilical, formada por 3 naves que culminan en un presbiterio tripartito, cuyas capillas que se apean, sin entablamento alguno, sendas arquerías de medio punto, perforadas por óculos en sus en jutas. La nave central, casi el doble de ancha que las laterales y bastante más alta, mostraba un artesonado mudéjar de par y nudillo, hoy inexistente. En uno de sus extremos se halla la portada principal situada a los pies del templo, en el otro un gran arco toral pro el que se comunica con la capilla mayor. Esta, de planta cuadrangular, muestra una bóveda de media naranja, un tanto rebajada, sobre pechinas. Las naves de los costados se comunican con el Presbiterio por sendos arcos de medio punto. Además ofrecen una salida al exterior por medio de dos portadas, " la del Norte" que da al camino de la Ermita; y la otra llamada "de la Mar", que mira al sur.

Tras el Presbiterio plano se sitúa la sacristía y la sala de colecturía. En su ángulo nor-occidental, a los pies del templo se proyecta una torre. Construida en la primera mitad del siglo XVIII.
La torre, de base rectangular, de fuste liso y sobrio, responde a la tipología de la mayor parte de las torres del Reino de Sevilla en el siglo XVIII, concentrada toda su decoración en el campanario.
Los materiales utilizados fueron, como en el resto del edificio, la mampostería y el ladrillo, el cual predominó en la parte alta de la torre con variantes de calidades y tamaños.